有關審計部決算審核報告，認為數位身分證換發計畫編擬過程未制定專法、未向民眾溝通說明及未明定具體執行策略，並於計畫審議過程未審慎評估可行性，未能發揮效益。對此，內政部嚴正申明，數位身分證自102年起即持續規劃，歷經多年研議，相關推動及整備過程皆嚴謹完善，絕非貿然推動。
內政部指出，數位身分證為發展智慧政府及邁向數位國家重要政策，在規劃階段，其資安技術皆符合國際標準，且在資安法、個資法、電子簽章法、戶籍法等法律基礎下推動；推動過程中內政部辦理多場開放決策活動，電話民調結果也近7成民眾支持換發，同時也拜會各界專家、學者、立委進行政策溝通說明與意見交流；數位身分證計畫經國發會審度政策形成過程與社會各界共識，制定專法並非唯一選擇，計畫審議過程亦經各部會通盤審視評估並同意可行，相關整備工作非常嚴謹完善。
內政部進一步說明，政策暫緩係為更周全完善，配合各界要求，提升國家整體資安、個資規範，目前行政院已成立個資保護委員會籌備處，數位身分證後續推動將在該會成立後，再進行政策、資安及法制等方面之跨部會意見整合。
至謠傳每年須花費6千多萬維護機器費用及立法院數位身分證調閱專案小組調閱的資料多遮蔽、塗黑，真相持續被掩蓋，內政部嚴正指出該說明並非正確，機器設備並無損壞，維護保養可提供未來繼續使用，每年機器設備維護費用約1千多萬，其餘4千多萬為攤提機器設備折舊費用，倘政策重啟後，內政部將扣除已支付之折舊費用，避免重複計價。
內政部最後重申，已提供立法院數位身分證調閱專案小組5大卷87份文件，絕無隱蔽、塗黑。至於中央印製廠原依調閱專案小組決議，將相關商業技術及專利事項遮蔽部分，也以密件方式，重新提供調閱專案小組檢閱。所謂遮蔽隱匿之指控，係故意以錯假訊息混淆視聽、以訛傳訛。