由於南區六個地方政府（高雄市、臺南市、嘉義市、嘉義縣、屏東縣、澎湖縣）工商日漸繁榮，人口增加，對於需要至中央部會服務洽公或陳情之案件日增，為提升行政院各部會對雲嘉南地區民眾之服務效能，依據行政院秘書長101年3月27日院臺綜字第1010126483號函，參照行政院南部、中部及東部聯合服務中心模式，爰增設本中心，強化及建構雲嘉南區域溝通協調機制平台，並促進區域均衡發展。
衡酌雲嘉南區四個縣市之交通可及性、服務便利性以及臺鐵、高速公路匯集等因素，因而擇定設置於嘉義市。
在業務運作模式上，除內政部入出國及移民署服務站、外交部雲嘉南辦事處合署辦公單位由本中心扮演溝通、協調及整合之角色外，依中心設置要點規定，任務編組（屬內部組織；中心具指揮監督權限）設有外交、原住民、農業、財政、內政、客家、文化、工商、交通、衛福、教育、勞工、環保等13組，分組辦事，積極推動雲嘉南區跨域治理，充分發揮溝通、協調與整合者之角色與任務。