15年前因為莫拉克風災嚴重受創的阿里山林業鐵路，在農業部林業及自然保育署與所屬阿里山林業鐵路及文化資產管理處努力克服重重挑戰後，終於在7月6日全線通車。總統賴清德於19日由農業部長陳駿季、立法委員陳冠廷、王美惠、張啟楷、嘉義縣長翁章梁、林業保育署長林華慶、行政院雲嘉南區聯合服務中心副執行長李碧菁等人的陪同下，參加全線通車感恩活動，先欣賞現代舞演出及鄒族古調表演，隨後搭乘全新森鐵列車「福森號」至祝山車站，巡禮三代木及訪視香林國小師生，最終前往受鎮宮參拜。
賴清德總統表示，他擔任行政院長時曾到嘉義市林業園區視察歷史建築，過去林鐵修復工程一直斷斷續續，他在聽完簡報後，認為應傾全力修復，並指示安全、全線通車、融入文化3點要求。現今阿里山林鐵全線通車，他也表示將會持續建設阿里山，吸引國內外遊客前來。
農業部長陳駿季表示，在莫拉克風災後，阿里山鐵路中斷，而在最後一哩42號隧道修復前，又遇上杜鵑颱風，感謝當時擔任行政院長的賴總統核定經費、對文化修復的要求，以及成立專責管理機關，今年阿里山林鐵才能順利通車，也涵蓋更多元的視野。目前農業部、交通部及文化部現正也正推動計畫，透過兩側的地方創生、農村創生，以新景點及新思維帶動觀光，讓國內外旅客持續來到阿里山觀光。
林業自然保育署署長林華慶表示，攸關阿里山林鐵永續營運的一個重大轉捩點，是總統賴清德在行政院院長任內，核定「阿里山林業鐵路及文化資產管理處」，並於107年7月1日正式成立，讓這條世界級的百年鐵路，首次有了與其身份相符的專責營管機構與清楚的文化資產定位，其後行政院也以前瞻計畫大力支持經費。也因此，在林鐵文資處成立以後，除了積極復建42號隧道，還配合林業保育署打造「阿里山林業文化生態軸帶」的政策，針對沿線場站與歷史空間修復優化、路線安全提升、車輛更新、服務美學等重要工作同步開展，讓阿里山林鐵能在誕生百年後華麗轉身。