本中心置主任一人，綜理本中心有關任務；置執行長一人、副執行長二人，協調、整合派駐部會有關業務。
在業務運作模式上，除2合署辦公單位本中心扮演溝通、協調及整合之角色外，依中心設置要點規定，任務編組：
(一)合署辦公建置單位：
1、內政部移民署南區事務大隊嘉義市服務站。
2、外交部雲嘉南辦事處。
(二)聯合服務任務編組單位：
1、內政組。2、環保組。3、教育組。4、工商組。5、交通觀光組。6、農業組。7、文化組。
8、勞動組。9、原住民組。10、客家組。11、衛福組。12、財政組。13、外交組。
